La convention signée le 11 mars 1972, à Nouakchott, par les chefs d’État du Mali, de la Mauritanie et du Sénégal définit les missions et les compétences de l’organisation. Elle est à l’origine de la création de l’organe exécutif, le Haut-Commissariat. Les organes ayant un droit de regard sur le haut commissariat sont : la Conférence des chefs d’État et de gouvernement, qui définit la politique de coopération et de développement au sein de l’Organisation et le Conseil des ministres, qui définit la politique générale d’aménagement du fleuve et de mise en valeur de ses ressources. Le Haut-Commissariat, applique les décisions du Conseil des ministres. Organe exécutif de l’OMVS. Il est dirigé par un Haut-Commissaire, nommé pour un mandat renouvelable de quatre ans. Son siège est à Dakar, au Sénégal. Le Haut-Commissaire a en charge l’application des décisions des Chefs d’États du Conseil des ministres à qui il rend régulièrement compte.